Asociace NNO si vytkla za svůj cíl řadu priorit, z nichž v současné době považuje za nejvýznamnější posílení partnerství nestátních neziskových organizací a subjektů veřejné správy a jejich přípravu na využívání podpůrných programů Evropské unie v příštím programovacím období v letech 2013+.

Mezi další cíle Asociace NNO patří:

Tyto cíle jsou naplňovány nejenom prostřednictvím komunikace se členy sdružení, ale také prostřednictvím jednání s orgány veřejné správy, zejména s parlamentními a vládními institucemi, s mezinárodními organizacemi a národními asociacemi NNO v zahraničí včetně evropských struktur.

Snaží se prosadit legislativní úpravy a rozpočtová pravidla vyhovující neziskovým organizacím. Svým členům poskytuje informační servis a přispívá k veřejné informovanosti o NNO.

Asociace poskytuje svým členům i ostatním subjektům prostor k výměně zkušeností a názorů. Asociace tak podporuje komunikaci nejen mezi svými členy, ale je otevřena všem neziskovým organizacím v České republice a vytváří tak předpoklady, aby se stanoviska a zájmy neziskových organizací sbližovaly a byly zřetelně artikulovány na veřejnosti.